为了拯救危在旦夕的永冬王国，一支名为“斩兽之刃”的复国小队潜入了致使永冬灭亡的罪魁祸首亚萨王国，不惜一切代价，誓要夺取能够重启世界树核心的两把钥匙。斩兽之刃小队的成员们都有着各自不为人知的过去故事，大家是如何踏上了这条复国的道路呢？

ゾイドとは、銀河の彼方に生息する、戦う意思を持った金属生命体である。惑星が最後を迎え、人類は第二の故郷として地球を目指すが、ゾイド因子の暴走と不慮のタイムワープで、突如、21世紀の地球にゾイドが出現。ゾイドによる破壊と度重なる地殻変動で地球は一度滅びた。レオは自ら発掘したビーストライガーを相棒に、地球の未来を左右する少女サリーと冒険の旅に出発した。