2004年NHK台利用最新数码技术重新打造的新版《火之鸟》作为手冢治虫先生顶峰时期的作品本片的故事构成早已超越了国界、时间和生死。作为无可比拟、包罗万象的宏篇巨著，影片受到了各界人士的注目，因此称其为杰作中的杰作好不过分。无需更多的评价本片无论在现在还是未来，都会对日本动画界有不朽的影响。“火鸟是传说中的不死鸟，它可以穿越时空，不死不灭，阿拉伯人叫它费利克斯，中国人则称它们为凤凰，火鸟不会死亡，它们会在火中重生……”在漫画中手冢以火鸟做为线索，探讨生命的秘密讲述生命的故事。发生在不同时空里的十二个故事，虽然主角、时代、背景各不相同，但却有着共同的主题和内在的联系。读者随着火鸟一起纵横驰骋在人类的历史和未来里，体验手冢对人类文明、生命的意义以及宇宙本源的思考。富坚义博擅长峰回路转的悬念，但与之相比仅仅是玩弄结构游戏的小聪明；高桥留美子擅长刻画生活，但一比之下也变成了毛皮。在这部作品面前《凯普》那号称鬼斧神工的奇幻想象显得平淡无奇；《暗黑破坏神》和《五星物语》也再配不上“波澜壮阔”这样的修饰。并不是说这些作品不好，仅仅是因为《火鸟》实在是太优秀了，用两个字形容就是“广博”。就像手冢自己概括的：“一定要说这部作品的主题那就是：‘在某个时间的某个地方，有某个生命在发出声音……’”是啊，武士和强盗，机械人和外星生命……它们共同演绎的是生命的主题，在时空的大河里一个生命可以渺小的连沙子都不如，但并不代表它不存在。美好的梦想可以眨眼间被打得粉碎，但整个宇宙的生命大合唱却生生不息，永无休止，就好象火中的凤凰……

在某个神秘的夜晚，可怕的孢子突然降临地球，它们钻进人类的身体，从而将其据为己有，并且将人类作为猎杀吞食的目标。高中生泉新一（染谷将太 饰）也险些被孢子控制大脑，结果这个待在右手中寄生兽“小右”（阿部隆...

桐山零（神木隆之介饰）是将棋界公认的天才，年仅17岁的他便已经成为了一名职业棋手，在棋盘上打败了无数年长与他许多的对手。实际上，零拥有着悲惨的过去，他的家人们很早之前在一场可怕的车祸中全部去世了，之后，零被父亲的好友收养。养父是一名将棋爱好者，为了让养父开心，零没日没夜的研究着棋谱，却不曾想自己不经意的举动造成了这个家庭的分崩离析。最终，零决定离开养父家独自生活，在他看来，只要不依靠任何人，不和任何产生关联，便不会伤害任何人。然而，善良又热情的川本三姐妹闯入了零的生活，一直讲零视为是自己的宿敌的二海堂晴信（染谷将太饰）也令零渐渐走出了孤独。

千金小姐吉儿遭到太子以莫须有的罪名悔婚并宣判死刑。就在临死之际，她竟重生到了10岁时订下婚约的那场派对！为了免于走上悲剧结局，她紧急向身后的人求婚，不料对方却是前生最大的敌人，也就是邻国（即将）入魔的皇帝·哈迪斯。驰骋战场的军神大小姐在此刻重启人生！

とある魔術の禁書目録たんBlu-ray&DVD初回予約特典ディスクに収録のおまけアニメ。原作の出版社やアニメの制作会社が同じことから『しゃくがんのシャナたん』同様、ちびキャラ化したインデックスことインデックスたんをはじめ、各登場キャラクターたちが繰り広げる公式パロディ作品である。基本的には本編のパロディだが、『しゃくがんのシャナたん』のものまね（「とある魔術の座談会2」にて、ものまねについての言及がある）や出演声優に関するネタ、さらには出演声優による地の会話などが加えられている。この他、テレビアニメのプロモーションでコラボレーションを行った『とらドラ!』や『俺の妹がこんなに可愛いわけがない』、制作会社繋がりの『探偵オペラ ミルキィホームズ』やネット上でネタになっていた二期OPや、さらには『侵略!イカ娘』『リングにかけろ』などのパロディや外伝作品『とある科学の超電磁砲』の宣伝などもネタにしている。なお、インデックスたんは後に『しゃくがんのシャナたん』への出演も果たしている。『とある魔術の禁書目録たん3』ではシャナたんと同じ声優繋がりであるアニェーゼもちびキャラ化しており、更に作中シャナたんを髣髴とさせる発言を行っている。